Actualización epidemiológica: variantes de SARS-CoV-2 en las Américas - 24 de marzo de 2021 / Epidemiological update: SARS-CoV-2 variants in the Americas - March 24, 2021

A la fecha, 141 los países/territorios han detectado casos de infección por alguna de las tres variantes de preocupación (VOC) reconocidas actualmente por la Organización Mundial de la Salud (OMS). De ese total, 32 países/territorios corresponden a la Región de las Américas.

Orientaciones para la selección de muestras de SARS-CoV-2 para caracterización y vigilancia genómica / Guidance for the selection of SARS-CoV-2 samples for genomic characterization and surveillance

La secuenciación genómica ha sido una herramienta esencial para generar datos virológicos, impulsar la respuesta del laboratorio y comprender mejor los patrones evolutivos y de dispersión del SARS-CoV-2. Además de la caracterización de los patrones de circulación global, la detección temprana de las variantes del SARS-CoV-2 dentro de cada país es fundamental para complementar la vigilancia epidemiológica y virológica.

Cutaneous susceptibility to SARS-CoV-2 infection according to the expression of viral entry factors in the skin / Susceptibilidad cutánea a la infección por SARS-CoV-2 según la expresión de los factores de entrada viral en la piel

Abstract Introduction: Reports of dermatological manifestations in patients with COVID-19 suggest a possible cutaneous tropism of SARS-CoV-2; however, the capacity of this virus to infect the skin is unknown. Objective: To determine the susceptibility of the skin to SARS-CoV-2 infection based on the expression of viral entry factors ACE2 and TMPRSS2 in this organ. Method: A comprehensive analysis of human tissue gene expression databases was carried out looking for the presence of the ACE2 and TMPRSS2 genes in the skin. mRNA expression of these genes in skin-derived human cell lines was also assessed. Results: The analyses showed high co-expression of ACE2 and TMPRSS2 in the gastrointestinal tract and kidney, but not in the skin. Only the human immortalized keratinocyte HaCaT cell line expressed detectable levels of ACE2, and no cell line originating in the skin expressed TMPRSS2. Conclusions: Our results suggest that cutaneous manifestations in patients with COVID-19 cannot be directly attributed to the virus. It is possible that cutaneous blood vessels endothelial damage, as well as the effect of circulating inflammatory mediators produced in response to the virus, are the cause of skin involvement.

Resumen Introducción: Reportes de manifestaciones dermatológicas en pacientes con COVID-19 sugieren un posible tropismo cutáneo del virus SARS-CoV-2; sin embargo, se desconoce la capacidad de este virus para infectar la piel. Objetivo: Determinar la susceptibilidad de la piel a la infección por SARS-CoV-2 con base en la expresión de los factores de entrada viral ACE2 y TMPRSS2 en dicho órgano. Método: Se buscaron los genes ACE2 y TMPRSS2 en la piel, para lo cual se realizó un análisis extenso de las bases de datos de expresión genética en tejidos humanos. Asimismo, se evaluó la expresión de dichos genes en líneas celulares humanas derivadas de la piel. Resultados: Los análisis mostraron alta expresión conjunta de ACE2 y TMPRSS2 en el tracto gastrointestinal y en los riñones, pero no en la piel. Solo la línea celular de queratinocitos humanos inmortalizados HaCaT expresó niveles detectables de ACE2 y ninguna línea celular de origen cutáneo expresó TMPRSS2. Conclusiones: Los resultados sugieren que las manifestaciones dermatológicas en pacientes con COVID-19 no pueden ser atribuidas directamente al virus; es posible que sean originadas por el daño endotelial a los vasos sanguíneos cutáneos y el efecto de los mediadores inflamatorios circulantes producidos en respuesta al virus.

Directrices de laboratorio para la detección y el diagnóstico de la infección con el virus COVID-19 / Laboratory guidelines for the detection and diagnosis of COVID-19 virus infection

Los coronavirus son un grupo de virus ARN altamente diversos de la familia Coronaviridae que se dividen en 4 géneros: alfa, beta, gamma y delta, y que causan enfermedades de leves a graves en humanos y animales (1-3). Existen coronavirus humanos endémicos como los alfacoronavirus 229E y NL63 y los betacoronavirus OC43 y HKU1 que pueden causar enfermedades de tipo influenza o neumonía en humanos (1, 3). Sin embargo, dos coronavirus zoonóticos que causan enfermedades graves en humanos han emergido: el coronavirus del Síndrome respiratorio agudo grave (SARS-CoV) en 2002-2003 y el coronavirus del Síndrome respiratorio de Oriente Medio (MERS-CoV) (1-5).

Atualização epidemiológica: ocorrência de variantes de SARS-CoV-2 nas Américas (11 de janeiro de 2021) / Ocurrencia de variantes de SARS-CoV-2 en las Américas. Información preliminar / Occurrence of variants of SARS-CoV-2 in the Americas (11 January 2021)

Por meio deste documento, a Organização Pan-Americana da Saúde / Organização Mundial da Saúde (OPAS/OMS) comunica aos Estados Membros informações preliminares sobre a detecção, nas Américas, de duas variantes de interesse de SARS-CoV-2 associadas ao aumento de transmissão no Reino Unido e na República da África do Sul. A OPAS/OMS recomenda que os Estados Membros continuem o sequenciamento de amostras, conforme as diretrizes da rede regional de vigilância genômica, e monitorem as mudanças repentinas na incidência de COVID-19, à luz das medidas de saúde pública e de distanciamento social implementadas e cumpridas pela população.

A través de este documento, la Organización Panamericana de la Salud / Organización Mundial de la Salud (OPS/OMS) comunica a los Estados Miembros información preliminar sobre la detección en las Américas de dos variantes de interés de SARS-CoV-2 que han sido asociadas al incremento de transmisión en el Reino Unido y en la República de Sudáfrica. OPS/OMS recomienda a los Estados Miembros continuar con la secuenciación de muestras, según las pautas de la red regional de vigilancia genómica y monitorear los cambios repentinos en la incidencia de la COVID-19, a la luz de las medidas de salud pública y de distanciamiento social implementadas y cumplidas por la población.

Through this document, the Pan American Health Organization / World Health Organization (PAHO/WHO) communicates to the Member States preliminary information on the detection in the Americas of two variants of interest of SARS-CoV-2 that have been associated with increased transmission in the United Kingdom and in the Republic of South Africa. PAHO / WHO recommends that Member States continue with the sequencing of samples according to the guidelines of the regional genomic surveillance network and monitor sudden changes in the incidence of COVID-19, which occur in light of public health measures and of social distancing implemented and fulfilled by the population.

Detección de COVID -19 (SARS-CoV-2) mediante la saliva: una alternativa diagnóstica poco invasiva / Detection of COVID-19 (SARS-CoV-2) by saliva: a low-invasive diagnostic alternative

La nueva enfermedad por coronavirus, también denominada COVID 19 es la última enfermedad infecciosa de preocupación internacional. Originada en Wuhan, China, se extendió a nivel mundial, resultando en la pandemia 2019-2020 y una Emergencia de Salud Pública de Preocupación Internacional (ESPII) según lo declarado por la Organización Mundial de la Salud (OMS). Esta enfermedad suele cursar con fiebre, tos, dolor de garganta, dificultad respiratoria, fatiga y malestar general, sin embargo, también se han presentado casos asintomáticos. Su diagnóstico se realiza con una combinación tanto de exámenes clínicos, radiológicos y moleculares, donde la prueba de reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa (RT-PCR) ha sido el examen de elección para el análisis de material genético viral de muestras extraídas del tracto respiratorio superior. Se ha reportado que COVID-19 se transmite persona a persona o por contacto indirecto por gotas, lo que tiene fundamental importancia en procedimientos clínicos dentales y donde la saliva tendría una función crítica en la transmisión de SARS-CoV-2 en la población. Es por esto, que los diagnósticos salivales no invasivos podrían proporcionar una plataforma de detección rápida, temprana y poco invasiva de la infección por COVID-19. El objetivo de esta revisión es determinar los beneficios de la saliva como muestra no invasiva para el diagnóstico de COVID-19.

The new coronavirus disease, also called COVID 19, is the latest infectious disease of international concern. Originating in Wuhan, China, it spread globally, resulting in the 2019-2020 pandemic and a Public Health Emergency of International Concern (ESPII) as declared by the World Health Organization (WHO). This disease usually presents with fever, cough, sore throat, respiratory distress, fatigue and general discomfort; however, asymptomatic cases have been reported. The diagnosis is made with a combination of clinical, radiological and laboratory molecular tests, where the reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) test has been the alternative of choice for the analysis of viral genetic material from samples taken of upper respiratory tract. COVID-19 has been reported to be transmitted person-to-person or by indirect fluids drop contact, which is of fundamental importance for clinical dental procedures and where saliva would play a critical role in the transmission of SARS-CoV-2 from human to human. For this reason, non-invasive salivary diagnoses could provide a platform for rapid, early and non-invasive detection of COVID19 infection. The objective of this review is to determine the benefits of saliva as a non-invasive sample for the diagnosis of COVID-19.

Bases genéticas y moleculares del COVID-19 (SARS-CoV-2): mecanismos de patogénesis y de respuesta inmune / Genetic and molecular basis of COVID-19 (SARS-CoV-2) mechanisms of pathogenesis and imnune

A fines de diciembre de 2019, un nuevo coronavirus (SARS-CoV-2) fue identificado como el agente causal de una nueva enfermedad respiratoria llamada COVID-19 por la OMS. Sus síntomas incluyen fiebre, tos seca y dificultad respiratoria. Estos síntomas en general son leves, aunque, pueden ser fatales en adultos mayores y pacientes con comorbilidades. Se realizó búsqueda bibliográfica en Pubmed y Clinical Key donde se seleccionaron 22 artículos de acuerdo con los criterios de inclusión. SARS-CoV-2 pertenece al género de los Betacoronavirus y tiene similitudes genómicas con SARS-CoV y MERS-CoV. El virión de SARS-CoV-2 consta de una nucleocápside y de una envoltura externa compuesta por proteínas estructurales principales y accesorias. Su material genético consiste en una cadena de RNA monocatenario de polaridad positiva, en el que, se codifican proteínas importantes para su transcripción y replicación. El mecanismo de infección de SARS-CoV-2 comienza con la unión del virión a un receptor (ACE2) de la célula huésped y su posterior entrada por endocitosis. El genoma RNA viral se libera al citoplasma donde se transcriben y se traducen las proteínas necesarias para la producción de las proteínas estructurales y para la replicación de su material genético. Posteriormente, el RNA replicado se asocia con la nucleocápside y se ensambla junto con las proteínas estructurales para conformar las partículas víricas que serán liberadas de la célula infectada. El sistema inmune hace frente a la infección viral mediante el reconocimiento de patrones moleculares asociados a patógenos (PAMPs) por parte de la inmunidad innata y por la acción de los linfocitos T y B por parte de la inmunidad humoral. El conocimiento de las bases genéticas y moleculares de SARS-CoV-2 permite visualizar la posibilidad de establecer tratamientos farmacológicos o desarrollo de vacunas para controlar y disminuir los efectos patogénicos de la enfermedad.

In late December 2019, a new coronavirus (SARS-CoV-2) was identified as a causative agent of a new respiratory disease called COVID-19 by WHO. Its symptoms include fever, dry cough, and shortness of breath. Generally, these symptoms are mild, although, can be fatal in older adults and patients with comorbidities. A bibliographic search was carried out in Pubmed and Clinical Key. 22 articles were selected according to inclusion criteria. SARS-CoV-2 belongs to the genus of Betacoronaviruses and has genomic similarities to SARS-CoV and MERS-CoV. SARS-CoV-2 virion is made up of a nucleocapsid and external envelope composed of main structural and accesory proteins. Its genetic is a positive sense single stranded RNA in which important proteins are encoded for their transcription and replication. The mechanism of SARS-CoV-2 infection begins with the binding of the virion to (ACE2) receptor of the host cell and subsequent entry by endocytosis. This RNA genome is released into cytoplasm and the necessary proteins for the production of structural proteins and the replication of genetic material are transcribed and translated. Then, the replicated RNA associates with the nucleocapsid and assembles together with the structural proteins to form the viral particles that will be released from the infected cell. The immune system faces viral infection through the recognition of molecular patterns associated with pathogens (PAMPs) by innate immunity and the action of T cells and B cells by humoral immunity. Knowledge of the genetic and molecular basis of SARS-CoV-2 allows us to visualize the possibility of establishing pharmacological or vaccine treatments to control and reduce the pathogenic effects of the disease.